農地の売却でかかる税金はいくら？計算方法と特別控除の種類

農地の売却には、仲介手数料等の費用だけではなく譲渡所得税や住民税、復興特別所得税など、全部で5つの税金がかかります。

ただし、要件が当てはまれば特別控除が受けられるケースもあります。

本記事では、農地売却で発生する5つの税金のほかに、特別控除や税金の区分、農地売却の基礎知識まで解説します。わかりやすく解説しますのでぜひ参考にしてください。

農地売却でかかる5つの税金

農地を売却した場合、以下の5つの税金が課せられます。

• 譲渡所得税
• 住民税と復興特別所得税
• 印紙税
• 登録免許税

1つずつ詳しく見ていきましょう。

譲渡所得税

農地を売却した場合も他の不動産売却と同じように、利益がでたら譲渡所得税が発生します。譲渡所得税を算出するためにはまず譲渡所得を求めましょう。

取得費とは農地を購入した際に支払った費用のことです。不動産会社への仲介手数料・購入時に支払った税金・登記費用などが取得費にあたります。この取得費が不明な場合は譲渡収入金額の5％を取得費として計上が可能です。

譲渡所得に税率をかけることで、譲渡所得税額を算出することができます。譲渡所得税額は、農地の所有期間が5年以下の場合と5年超の場合で税率が変わります。

たとえば、農地を売却して得た利益が300万円で、所有期間が5年以下の場合は譲渡所得税が90万円課され、5年超の場合は45万円支払わなければなりません。

注意したいのが農地の所有期間の数え方です。取得した日から数えて、売却し農地を引き渡した年の1月1日までを数えます。2017年2月に取得して2022年3月に売却した場合、5年と1ヵ月所有していたのではなく5年未満の短期所有になるので注意しましょう。

住民税と復興特別所得税

農地を売却して得た譲渡所得に対して、住民税と復興特別所得税も課されます。住民税と復興特別所得税も、譲渡所得税同様に所有期間に応じて税率が変わることに注意しましょう。

復興特別所得税とは、2011年に起きた東日本大震災の復興のための税金で、2037年12月までは課される税金です。

印紙税

課税対象となる契約書類は、書類内の代金に応じた印紙を貼り印紙税として納税します。農地を売却する際に作成する売買契約書がそれにあたり、売却金額に応じた印紙を貼付しなければなりません。売買契約書は、売り主・買い主1通ずつ作成し保管しますが、それぞれに印紙を貼付する必要があります。

2024年の3月末までは印紙税の軽減措置が図られているため、現在は定められた金額の半額となっています。

登録免許税

農地を売却すると農地の所有権は売り主から買い主へと移転するため、所有権移転手続きをしなければなりません。この手続きをおこなう際に支払うのが登録免許税です。

なお、農地取得後から農地売却までの間に売り主が引越しをした場合は、住所変更手続きが必要です。住所変更手続きの際に支払う登録免許税は、不動産1筆につき1,000円かかります。

農地を担保にして金融機関に借り入れをおこなっていた場合は、売却の際に抵当権抹消登記が必要です。抵当権抹消の際も登録免許税が発生し、不動産1筆ごとに1,000円の登録免許税を支払います。

農地売却でかかる税金の区分

農地売却して得た利益は譲渡所得といい、他の所得とは分けて所得税や住民税が計算されます。この課税方式を分離課税といい、他の所得と合わせて計算する総合課税にすると、税額が大きくなりやすく負担になるものが対象です。分離課税の場合計算式も税率も独自のものを用います。

譲渡所得以外で分離課税となるのは、退職所得や山林所得です。

農地売却で適用される特別控除

宅地などの不動産売却でも、所得から利益を控除する特別控除や特例があります。農地の売却でも同じように特別控除があるため、制度の内容を理解しておきましょう。

農地売却で特別控除がある理由

政策推進の観点とその強制力の度合いによって、農地売却には特別控除の特別措置が講じられています。また、農地の担い手への農地の譲渡を促すために、農用地利用集積計画等により譲渡した場合も同様です。

さらに、土地利用計画に即した農地の有効利用のため、買い替えに対する特別措置など、さまざまな理由によって農地売却の売り主と買い主の双方にメリットが得られるように特別控除が設けられています。

800万円の特別控除

農用地区域内の農地を農用地利用集積計画または、農業委員会の斡旋などで譲渡した場合は、800万円まで控除されます。農地利用集積計画とは、国および農業委員会が主体となって農地を利用していく計画のことです。国へ協力する形としての売却が対象となっています。

また、農用地区域内の農地を農地中間管理機構または、農地利用集積円滑化団体に譲渡した場合も、800万円の控除があります。

どちらも買い主は誰でもいいわけではありません。農業の意欲がある人に農地を売却した場合に限定されています。そして、農地に抵当権が設定されている場合はこの特別控除が使えません。

1,500万円の特別控除

1,500万円の特別控除とは、農用地区域の農地の買い入れ協議をして、売却した場合は1,500万円が控除されるものです。

農業従事者または農地所有者が農業委員会に対して、農地の斡旋があった場合に各自治体が買い入れの協議をおこないます。この協議で買い入れが決まった場合は、農地中間管理機構にいったん農地を売却し、その後購入者に売却されます。この形式で売却が決まった場合のみこの控除を受けることが可能です。

2,000万円の特別控除

農用地区域内にある農地で、規模縮小をする農家がその農地を農地中間管理機構に売却する場合、2,000万円まで所得から控除するものです。

この控除を受けるためには、特例農用地利用規程に基づいていなければならず、利用できる対象者は限られています。

5,000万円の特別控除

農地が道路や河川、電気、ガスなどの公共事業や、区分整理などの土地収用法等に売却した場合に利用できる特別控除です。最大5,000万円までが控除されますが、国の指定業者による買い取りであることが条件です。

他の特別控除と同じように控除を受けるためには、確定申告をしなければなりません。その際には買い取った業者による、買い取り証明の添付が必要です。買い取り証明を紛失しないように注意しましょう。

農地売却でかかる費用

農地売却では税金以外にもかかる費用があります。農地売却をしてもそのまま手元に残るわけではないため、資金計画をしっかりと立てましょう。

不動産会社に仲介してもらって売買するときは、仲介手数料がかかります。農地は宅地ではないため、宅地建物取引業法の規制対象とはならず、仲介手数料は不動産会社が自由に設定できます。

しかし、農地の仲介手数料は宅地建物取引業法の規定に準ずる場合が多いです。

この他に、農地の性格な広さや範囲を調べるための測量費や、農地転用手続きを行政書士に依頼する場合は、3万円から10万円の報酬などが必要です。また、売り主の住所変更手続きや抵当権抹消が必要な場合は、司法書士に依頼し報酬を支払う必要があります。

農地を売却したあとは確定申告

農地売却完了後、利益がでた場合は確定申告が必要です。確定申告をおこなうのは売却の翌年の2月16日頃から3月15日頃までの間です。利益が出たにも関わらず、確定申告をおこなわない場合は罰則の対象となるため注意しましょう。

農地売却の確定申告で必要な書類は以下のとおりです。スムーズに確定申告を終えるには、あらかじめ準備をしておきましょう。

• 確定申告書（B様式）
• 譲渡所得内訳書
• 本人確認書類
• 売買契約書の写し
• 売却でかかった費用の領収書
• 登記簿謄本

農地売却で所得控除となる特別控除を利用する場合は以下の書類も必要です。

農地売却の基礎知識

農地売却は難しいといわれていますが、その理由や農地売却の方法など、農地売却の基礎知識について解説します。

農地売却は難しい？

農地は農地法によって、売却や農地以外の転用が制限されています。買い手を見つけることが難しいこともあり、売却することが難しいです。

農地を農地のまま売却するためには、農業委員会による許可が必要ですが、農業委員会に必要な許可申請を出しても認められるとは限りません。

活用方法も限られていて、転用ができない農地の場合は、買い主は農業を営んでいるものに限定されています。

農地のまま売却する方法

土地には地目があり、土地ごとで用途別の分類が決まっています。農地売却には2つの方法があり、1つ目の方法が農地の地目を変えずに農地として売却する方法です。

農地として売却する場合、買い主は農家や農業法人などの農業を営んでいるなど条件があります。宅地と違い買い主の幅が狭くなるので売却は難しいでしょう。しかし、タイミング次第では見つかる可能性もあるため、農地売却が得意な不動産会社への依頼をおすすめします。

農地を転用して売却する方法

農地を宅地などの農地以外に転用して売却することもできます。この場合は、買い主は農家や農業法人でなくても売ることが可能です。

転用のための許可を農業委員会に取らなければなりませんが、農地の立地などの基準によっては許可がでない可能性があります。許可がでなければ農地転用ができません。

まとめ

農地の売却には、印紙税や登録免許税といった必ずかかる税金や、利益がでた場合に発生する譲渡所得税・住民税・復興特別所得税が発生します。他の不動産売却と同様の税金が発生することを覚えておきましょう。

農地売却の要件を満たすことで、所得から控除される特別控除があるため、自身のケースが当てはまるかを確認しましょう。その際には揃えておく書類があるため、紛失しないように売買の際の書類は大切に保管する必要があります。税金や費用のこともよく考えて、農地を売却するか判断しましょう。